A Ordem Franciscana Secular ou Ordem Terceira de São Francisco tem suas origens no século XIII, quando leigos manifestaram o desejo de seguir os passos de São Francisco de Assis, seu fundador e fonte de inspiração.
No Rio de Janeiro foi denominada Venerável Ordem Terceira de São Francisco da Penitência, sociedade civil, de caráter religioso, beneficente, educacional, cultural, de assistência social e filantrópica. Foi proprietária e mantenedora de várias obras sociais como: Escola Pe. Dr. Francisco da Motta e Colégio Sonja Kill, (Praça Mauá), Centro da cidade, Centro Comunitário São Francisco de Assis e Creche Santa Clara de Assis, no Vidigal, Centro Comunitário São José, Centro Comunitário Nossa Senhora das Graças e Creche Menino Jesus no município de Duque de Caxias, na baixada fluminense e o Hospital Venerável Ordem Terceira de São Francisco da Penitência e Creche Irmão Sol e Irmã Lua, no bairro da Tijuca, Rio de Janeiro.

Está presente também através da Igreja da Venerável Ordem Terceira de São Francisco da Penitência, situada no Largo da Carioca, centro da cidade, representativo da Arte Sacra Barroca no Brasil, de grande valor histórico, artístico e cultural, como atesta seu tombamento pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional.

É importante mencionar outra obra histórica, também tombada pelo Instituto de Patrimônio. Trata-se da Capela da Prainha, na Praça Mauá, construída em 1696 pelo benfeitor Pe. Francisco da Motta, que a legou, juntamente com o patrimônio imobiliário daquele morro, à Venerável Ordem Terceira. Por volta de 1710, os franceses invadiram o Rio de Janeiro e se alojaram no Morro da Conceição. O então governador Castro Morais, evitando que as tropas de Duclerc oferecessem resistência no local, ordenou o incêndio da capela, reconstruída a partir de 1739 e concluída em 1741.

A Venerável Ordem Terceira de São Francisco da Penitência, foi criada nesta cidade do Rio de Janeiro em 20 de Março de 1619, em terras que lhe foram doadas pelo Convento de Santo Antônio, no atual Largo da Carioca, onde inicialmente, foi construída uma pequena Capela e um Hospital. Em 1808 esse Hospital serviu de referência médico-hospitalar à Família Real, Já naquela época, a Instituição contava com um número de 10.000 irmanados.

Na gestão do então prefeito Dr. Pereira Passos, a Ordem Terceira da Penitência teve o seu Hospital desapropriado, para atender ao projeto de alargamento das ruas do Centro da Cidade, adquirindo, então, uma chácara situada na Tijuca, para onde transferiu o seu Hospital. No ano de 1933, foi inaugurado o prédio principal do Hospital da Ordem Terceira da Penitência.

Desde então, o Hospital da Venerável Ordem Terceira de São Francisco da Penitência, hoje HOSPITAL SÃO FRANCISCO na Providência de Deus, vem expandindo suas atividades e dependências, oferecendo a população um serviço altamente qualificado, onde a dedicação e carinho dos profissionais que nele atuam, fazem parte da terapia do doente, não só daquele internado nas dependências do hospital, mas também aqueles atendidos nos postos avançados mantidos nos Centros Comunitários.

O Espírito Religioso e Franciscano de Fraternidade e Solidariedade para com o irmão doente, é o que diferencia a Instituição. Cuidou-se e cuida-se  não só do corpo de todos aqueles que estiveram em alguma obra da Venerável Ordem Terceira,como também, de seu espírito, oferecendo lhe um ambiente humano e cristão.

O outro para São Francisco era irmão. Foi esse mesmo Espírito e Carisma de São Francisco permeou  a vida acadêmica das crianças e adultos assistidos nos cursos oficiais ou não ministrados na Escola Pe. Dr. Francisco da Motta, criada em 11 de junho de 1897, no morro da Conceição, zona portuária da cidade do Rio de Janeiro.
A presença desses Franciscanos aconteceu  por 3 décadas nos Centros Comunitários do Vidigal e Praça Mauá na cidade do Rio de Janeiro, Prainha e Vila Ideal em Duque de Caxias e em Tanguá na Casa de Acolhida de de crianças.

Hoje essa mesma presença é encontrada na Igreja da Venerável Ordem 3ª, no centro do Rio de Janeiro, no hospital administrado pela Associação Lar São Francisco e na creche do Vidigal.

A Familia de São Francisco da Penitência orgulha-se de vivenciar e transmitir o Carisma Franciscano que, ainda hoje, identifica, perante a humanidade, o seu Patriarca – São Francisco de Assis.